Dahulu kala, semua manusia hidup di bawah laut. Namun, beberapa orang lebih suka hidup di permukaan dan meninggalkan kehidupan di bawah air selamanya. Akibatnya, mereka kehilangan perlindungan pemberian Tuhan yang disebut “Ena” yang memungkinkan mereka bernapas di bawah air. Seiring waktu, jurang pemisah antara penghuni laut dan permukaan semakin melebar, meskipun kontak antara kedua bangsa tersebut masih ada.
Nagi no Asu kara mengisahkan Hikari Sakishima dan Manaka Mukaido, bersama teman masa kecil mereka, Chisaki Hiradaira dan Kaname Isaki, yang terpaksa meninggalkan laut dan bersekolah di permukaan. Di sana, mereka juga bertemu Tsumugu Kihara, seorang teman sekolah dan nelayan yang mencintai laut.
Hidup Hikari dan teman-temannya pasti akan berubah karena mereka harus menghadapi kebencian dan diskriminasi yang mendalam antara penghuni laut dan permukaan, badai dalam kehidupan pribadi mereka, serta badai yang akan datang yang dapat membawa malapetaka bagi semua yang tinggal di permukaan.
