Suatu hari, matahari merah yang cerah berhenti bersinar, menyebabkan “Fenomena Kehancuran”—kehancuran kota Arata Kasuga dan hilangnya penduduknya. Namun, belum semuanya hilang; dengan memanfaatkan grimoire ajaib yang diberikan oleh teman masa kecil sekaligus sepupunya, Hijiri Kasuga, dunia Arata direkonstruksi secara artifisial.
Untuk menyelidiki fenomena tersebut, Lilith Asami muncul di hadapan Arata, yang dunia buatannya tiba-tiba hancur. Ia diberi dua pilihan: menyerahkan buku itu, atau mati. Namun, Arata memilih pilihan ketiga—mendaftar di sekolah sihir rahasia Royal Biblia Academy, tempat enam pengguna sihir lainnya menunggunya. Bersama Lilith, keenamnya membentuk Trinity Seven, elit sekolah yang masing-masing memperkuat kekuatan dan keterampilan mereka sendiri.
Dengan ambisi untuk menyelamatkan Hijiri dan bantuan dari teman-teman barunya, Arata tak henti-hentinya mencegah kehancuran kampung halaman tercintanya dan membawa kembali sahabatnya.
