Pada tahun 2035, sebuah insiden yang dikenal sebagai “The Burst” terjadi di sebuah fasilitas penelitian Jepang, yang melahirkan “Matter” yang berkembang pesat, melahap, dan mereplikasi diri. Menyelusup melalui sisa-sisa bendungan dan fasilitas militer di Ngarai Kurobe, Matter yang bermusuhan itu dikepung oleh satuan tugas yang berusaha mencegahnya mencapai lautan dan tentara bayaran yang mencari kebenaran di balik keberadaannya.
Aiko Tachibana hidup di bawah pengawasan medis yang konstan setelah diselamatkan dari Matter. Ia menghabiskan hari-harinya menunggu kesembuhannya dengan membuat pesawat kertas. Tak lama kemudian, kehidupan sehari-harinya di sekolah terganggu oleh kedatangan siswa pindahan Yuuya Kanzaki, yang kemudian menunjukkan sejumlah kejanggalan mengenai tubuhnya. Mengapa ia tidak pernah terluka, dan mengapa ia tiba-tiba tidak lagi membutuhkan kursi rodanya? Kanzaki mengklaim bahwa ada lebih banyak hal dalam keberadaannya daripada yang selama ini ia yakini, dan bahwa hanya ia yang memegang kunci untuk mengakhiri The Burst.
Dengan banyaknya faksi yang kini tertarik pada Aiko, ia dan Yuuya harus mengumpulkan sekutu dan memulai perjalanan berbahaya ke jantung jurang yang penuh infestasi sebelum jaring dapat menutup di sekitar mereka. Untuk menghindari konspirasi yang bergerak melawan mereka, keduanya harus berhadapan dengan Matter—musuh yang mengalir seperti air.
