Di hari pertama SMP, Mato Kuroi secara tak sengaja bertemu dengan Yomi Takanashi, seorang gadis pemalu dan pendiam yang langsung membuatnya tertarik. Mato berusaha keras untuk mengobrol dengan Yomi, ingin berteman dengannya. Awalnya, Yomi dihindari, tetapi suasana mencair ketika Yomi melihat seekor burung biru hias yang menempel di ponsel Mato, yang berasal dari buku “Li’l Birds At Play.” Menyadari bahwa mereka memiliki minat yang sama, keduanya menjalin persahabatan yang erat.
Di dunia alternatif, gadis-gadis muda ini hidup sebagai makhluk paralel, Mato sebagai Black★Rock Shooter, dan Yomi sebagai Dead Master. Entah bagaimana, apa yang terjadi di satu dunia tampaknya memengaruhi dunia lainnya, dan tanpa menyadari fakta ini, mereka tanpa sadar terjerat oleh benang takdir.
