Sekilas, Ibara Naruse dan teman-temannya, Aoi Fukasaku dan Taeko Nomura, tampak seperti siswa SMA biasa yang riang. Namun, jalanan yang mereka lalui, tujuan mereka, dan lingkungan sekitar mereka sama sekali tidak normal. Saat mereka terus maju, ketiganya mendapati diri mereka melangkah lebih jauh ke dalam versi Tokyo yang tak berpenghuni, yang telah porak-poranda akibat bencana nuklir 20 tahun lalu.
Sebagai bagian dari Coppelion Pasukan Khusus ke-3 Dispatch, yang dikenal sebagai tim Perawatan Kesehatan, Ibara, Aoi, dan Taeko didukung oleh Pasukan Bela Diri Darat Jepang (JGSDF) dan Kolonel Onihei Mishima saat mereka menyisir jalanan yang sunyi nan mencekam untuk mencari korban selamat. Menemukan manusia terakhir yang tersisa dan mengevakuasi mereka dengan helikopter JGSDF adalah kegiatan sehari-hari bagi mereka. Namun seiring berjalannya pekerjaan, Ibara dan teman-temannya mulai mempertanyakan kemanusiaan mereka sendiri—yakni, bagaimana mereka sendiri dapat bertahan hidup di Tokyo tanpa alat pelindung diri.
