Saat Perang Cawan Suci Keempat berkecamuk tanpa pemenang yang jelas, para Servant yang tersisa dan para Master mereka dipanggil oleh pengawas Gereja, Risei Kotomine, untuk bersatu dan menghadapi ancaman yang akan datang yang dapat menggagalkan Perang Cawan Suci dan menyebabkan kehancuran Kota Fuyuki. Gencatan senjata yang tidak nyaman segera runtuh ketika para Master menunjukkan bahwa mereka akan melakukan apa pun yang mereka bisa, betapa pun hinanya, untuk menang.
Benih keraguan ditaburkan di antara Kiritsugu Emiya dan Saber, Servant-nya, saat ideologi mereka yang bertentangan tentang kepahlawanan dan kesatriaan berbenturan. Sementara itu, ikatan yang tidak menyenangkan terbentuk antara Kirei Kotomine, yang masih berusaha menemukan tujuan hidupnya, dan salah satu Servant yang tersisa. Saat hitungan mundur menuju akhir perang mencapai nol, biaya kemenangan mulai mengaburkan batas antara kemenangan dan kekalahan.
