Mahiro Yasaka hanyalah seorang siswa SMA biasa, hingga suatu hari ia tiba-tiba diserang oleh monster berbahaya. Tepat ketika segalanya tampak hancur, ia diselamatkan oleh seorang gadis berambut perak bernama Nyaruko, yang mengaku sebagai dewa pengubah wujud Nyarlathotep dari Cthulhu Mythos karya penulis horor H. P. Lovecraft, yang dikirim oleh Badan Pertahanan Antariksa ke Bumi. Ia menjelaskan kepada Mahiro bahwa makhluk yang mengejarnya adalah alien bernama Nightgaunt, yang berencana menculik dan menjualnya sebagai budak.
Setelah menyelamatkannya dari alien tersebut, dewa Lovecraftian tersebut jatuh cinta pada Mahiro dan memaksa masuk ke rumahnya, yang membuatnya sangat kesal. Tak lama kemudian, mereka bertemu dengan dua orang lain dari dunia fiksi: Cthuko, seorang gadis yang terobsesi dengan Nyaruko, dan Hasuta, seorang pemuda yang mudah disangka sebagai wanita cantik. Bersama-sama, ketiga alien eksentrik itu melindungi Mahiro dari berbagai bahaya luar angkasa yang mengancam keselamatan dirinya dan Bumi, sekaligus membuat hidupnya seperti neraka.
