Pada tahun Universal Century 0079, Federasi Bumi dan Kerajaan Zeon bertempur di sisi yang berlawanan dalam Perang Satu Tahun yang mematikan. Selama pertempuran kecil, pilot Zeon yang terkenal, Char Aznable, berhasil menyusup ke pangkalan musuh dan mencuri prototipe mobile suit bernama Gundam. Dengan senjata yang sangat kuat ini, Char membantu sekutunya meraih kemenangan yang menentukan. Namun, dalam kecelakaan aneh yang melibatkan teknologi canggih Gundam, Char menghilang bersama mobile suit merah ikoniknya.
Enam tahun kemudian, pertempuran sporadis terus berkecamuk. Remaja Amate “Machu” Yuzuriha tinggal di koloni ruang angkasa yang tenang bersama ibunya. Meskipun teman-temannya mengikuti sekolah bimbingan yang melelahkan, Machu mendambakan kehidupan yang lebih menarik. Keinginannya terwujud melalui pendaratan darurat Gundam QuuuuuuX, mobile suit canggih yang digunakan oleh pasukan Zeon. Machu menemukan kecocokan alami dengan mobile suit tersebut dan menggunakannya untuk melawan pasukan Federasi. Dia dibantu dalam upayanya oleh Shuuji Itou yang misterius, yang mengemudikan Gundam yang mirip dengan yang pernah digunakan oleh Char yang hilang.
Tanpa disadari Machu, pertarungannya disaksikan oleh sekelompok penggemar mecha yang menggunakan mobile suit untuk bertarung berpasangan dalam olahraga kompetitif. Dalam upaya mencari kehidupan yang mendebarkan dan koneksi manusia, Machu bermitra dengan Shuuji dan terlibat dalam serangkaian pertempuran klan yang semakin intens, sementara tanda-tanda konflik yang lebih besar mengancam di atasnya.
