Penemuan hypergate di Bulan pernah memungkinkan umat manusia untuk berteleportasi ke Mars. Mereka yang memilih untuk menetap di sana menemukan teknologi yang jauh lebih maju daripada planet asal mereka, yang mereka beri nama “Aldnoah.” Penemuan ini menyebabkan berdirinya Kekaisaran Vers di Mars dan deklarasi perang terhadap “Terran”, mereka yang tetap tinggal di Bumi. Namun, pertempuran di bulan—yang kemudian disebut “Heaven’s Fall”—menyebabkan hypergate meledak, menghancurkan bulan dan menyebabkan kedua planet tersebut menjalin gencatan senjata yang tidak nyaman.
Namun, perdamaian mereka rapuh. Lima belas tahun kemudian, siswa SMA Inaho Kaizuka menyaksikan pembunuhan terencana Putri Asseylum Vers Allusia dari Kekaisaran Vers, yang datang ke Bumi dengan harapan memperbaiki hubungan antara kekaisaran dan tanah air mereka. Gencatan senjata hancur, dan penduduk Mars kembali menyatakan perang terhadap Terrans. Dalam menghadapi musuh yang tak terkalahkan ini, Inaho dan teman-temannya kini harus berperang melawan Kekaisaran Vers untuk menyelesaikan perang untuk selamanya.
