Setelah Amagami SS, siswi SMA Junichi Tachibana melanjutkan hubungannya dengan para gadis di sekolahnya. Amagami SS+ Plus menawarkan sekilas gambaran tentang apa yang terjadi setelah penyelesaian kisah masing-masing gadis.
Peristiwa baru mulai terjadi antara masing-masing gadis dan Junichi. Tsukasa Ayatsuji, perwakilan kelas, mencalonkan diri sebagai ketua OSIS; Rihoko Sakurai, yang telah mengambil alih Klub Teh bersama Junichi, masih ingin mengungkapkan perasaannya kepadanya; Ai Nanasaki mempertanyakan masa depan hubungannya dengan Junichi ketika ia pergi kuliah; Kaoru Tanamachi bertanya-tanya apakah hubungannya dengan Junichi akan berlanjut lebih jauh; Sae Nakata dan Junichi menghadapi teman-teman sekelas yang masih tidak percaya bahwa seseorang yang begitu manis adalah pacarnya; dan Haruka Morishima ingin membawa hubungan mereka ke jenjang yang lebih serius dan menikah.
