Sekembalinya dari liburan musim panas, para siswa Kelas 3-E di SMP Kunugigaoka yang bergengsi menghadapi tantangan yang tak terkalahkan. Menghadapi kemungkinan kehancuran dunia, para siswa harus menemukan cara yang semakin rumit dan kreatif untuk membunuh guru mereka, Koro-sensei yang licik namun optimis dan suka menolong.
Namun, menghabisi Koro-sensei bukanlah satu-satunya tujuan yang perlu dikhawatirkan para siswa. Gakuhou Asano, kepala sekolah yang kejam dan tanpa ampun, berusaha mencegah kesuksesan Kelas 3-E dengan mencuci otak murid-muridnya yang rajin menjadi mesin belajar yang sangat kompetitif. Permusuhan mulai terasa di udara saat para pengkhianat dan pembunuh sama-sama berusaha mengklaim hadiah kepala Koro-sensei untuk diri mereka sendiri.
Nagisa Shiota, salah satu pembunuh paling terampil di Kelas 3-E, mendapati dirinya berada di tengah konflik. Selagi ia berusaha mempertahankan prestasi akademiknya dan mencegah kiamat, urusan rumah tangga mengancam posisinya di Kelas 3-E. Bersama teman-teman sekelasnya yang setia, ia kini harus menghadapi ancaman tersebut secara langsung.
