Setahun dapat mengubah hidup seseorang selamanya. 365 hari yang dihabiskan Kelas 3-E SMP Kunugigaoka bersama guru eksentrik mereka, Koro-sensei, tentu saja mengubah segalanya. Dengan kenangan masa itu yang begitu membekas di hati, alumni Nagisa Shiota dan Karma Akabane kembali ke kelas lama mereka untuk mengenang peristiwa-peristiwa penting dalam hidup mereka.
Nagisa dan Karma teringat kembali oleh ruangan, meja, papan tulis, dan album kelas yang familiar akan peristiwa-peristiwa yang membentuk mereka menjadi “pembunuh” dan mempersiapkan mereka untuk dunia nyata. Itulah warisan guru mereka yang seperti gurita—yang memperkenalkan diri dengan mengancam akan menghancurkan dunia jika mereka tidak membunuhnya di akhir tahun ajaran—dan waktu yang dihabiskan di “Kelas Pembunuhan” yang aneh namun luar biasa.
