Meskipun tumbuh sebagai yatim piatu, Nio Chirinu menemukan tempat untuk bernaung: menjadi pelayan di restoran nenek angkatnya. Namun, kedamaian ini tidak bertahan lama; Nio dan adiknya, Iroha, dijadikan umpan untuk menangkap para penculik anak oleh Toshizou Hijikata dan Souji Okita—dua anggota kelompok ronin ternama bernama Miburo. Setelah kejadian itu, Toshizou mengusulkan agar Nio bergabung dengan Miburo dan melindungi penduduk Kyoto.
Frustrasi dengan kelemahannya sendiri, Nio berlatih untuk menyamai kemampuan berpedang rekan-rekan barunya. Meskipun demikian, ia berjuang untuk diterima oleh Tarou Tanaka dan Hajime Saitou, anggota Miburo lain seusianya. Bertekad untuk berteman dengan mereka, Nio harus menemukan rasa keadilannya sendiri dan menjadi cukup kuat untuk mengalahkan semua musuhnya.
