Ketika “Siren”, pasukan alien dengan persenjataan yang jauh melampaui batas teknologi saat ini, tiba-tiba muncul, umat manusia yang terpecah belah berdiri dalam solidaritas penuh untuk pertama kalinya. Empat negara—Eagle Union, Royal Navy, Sakura Empire, dan Iron Blood—membentuk Azur Lane, membuka jalan bagi perkembangan peperangan modern, yang berujung pada kemenangan awal melawan ancaman bersama. Namun, persatuan yang rapuh ini terancam oleh cita-cita yang berseberangan, sehingga aliansi terpecah menjadi dua. Sakura Empire dan Iron Blood memisahkan diri dan membentuk Red Axis, dan umat manusia kembali terpecah belah.
Sebagai petarung yang berpengalaman dan ulung, Enterprise “Grey Ghost” memikul harapan Azur Lane untuk mengakhiri perang. Namun di balik kepribadiannya yang tabah, tersembunyi seorang gadis rapuh yang takut pada lautan. Meski begitu, ia terus berjuang karena ia yakin bahwa itulah satu-satunya tujuan hidupnya. Sementara itu, Javelin, Laffey, dan Unicorn—tiga kapal dari persatuan—bertemu Ayanami, seorang mata-mata dari Red Axis. Meski tampak aneh, mereka mencoba berteman dengannya, tetapi sebagai musuh, usaha mereka sia-sia. Namun, mereka tetap gigih berharap suatu hari nanti akan berhasil.
Di tengah konflik yang tak pernah berakhir di antara umat manusia, kunci yang dapat menyatukan ras yang terpecah-pecah mungkin ada: seorang prajurit yang berdamai dengan kepribadiannya yang misterius dan persahabatan di antara mereka yang memiliki cita-cita berbeda.
