Ketika tragedi akan terjadi, Satoru Fujinuma mendapati dirinya terlempar kembali beberapa menit sebelum kecelakaan itu terjadi. Seniman manga berusia 29 tahun yang berpikiran terbuka ini telah memanfaatkan fenomena dahsyat namun misterius ini, yang ia sebut “Kebangkitan”, untuk menyelamatkan banyak nyawa.
Namun, ketika ia dituduh membunuh seseorang yang dekat dengannya, Satoru terlempar kembali ke masa lalu sekali lagi, tetapi kali ini ke tahun 1988, 18 tahun yang lalu. Tak lama kemudian, ia menyadari bahwa pembunuhan itu mungkin terkait dengan penculikan dan pembunuhan salah satu teman sekelasnya, Kayo Hinazuki yang penyendiri dan misterius, yang terjadi saat ia masih kecil. Inilah kesempatannya untuk memperbaiki keadaan.
Boku dake ga Inai Machi mengikuti Satoru dalam misinya untuk mengungkap apa yang sebenarnya terjadi 18 tahun yang lalu dan mencegah kematian teman sekelasnya sekaligus melindungi orang-orang yang ia sayangi di masa kini.
