Makoto Naegi, seorang remaja tanpa bakat istimewa, terkejut mengetahui bahwa ia telah diterima di Hope’s Peak Private Academy: sebuah sekolah elit yang mengumpulkan siswa-siswa terbaik dari berbagai bidang. Meskipun meyakini penerimaannya hanya kebetulan, Naegi senang dapat bersekolah di sebuah institusi yang dikenal menjamin kesuksesan bagi mereka yang lulus. Dengan tekad bulat, ia memasuki pintu depan akademi bergengsi tersebut.
Namun, setelah kehilangan kesadaran di dalam, Naegi terbangun di ruang kelas yang tampak kosong. Karena tidak memahami bagaimana ia bisa sampai di sana, Naegi mulai menjelajah, dan yang mengejutkan, ia menemukan teman-teman sekelasnya berkumpul di gedung olahraga. Sementara semua orang mencoba mencari tahu apa yang terjadi, mereka dihadang oleh kepala sekolah—Monokuma, sebuah boneka beruang robot. Mainan misterius itu menjelaskan bahwa para siswa baru terjebak di dalam sekolah dengan hanya satu cara untuk melarikan diri—membunuh teman sekelas tanpa ketahuan.
Ketegangan memenuhi udara saat Naegi dan teman-teman sekelasnya menyadari bahwa mereka dihadapkan pada dua pilihan: berpartisipasi dalam permainan pembunuhan Monokuma, atau tinggal bersama di sekolah selama sisa hidup mereka.
