Musim panas yang indah kembali berlalu bagi Illyasviel von Einzbern. Ia beristirahat sejenak dari tugas-tugasnya sebagai gadis penyihir dan menikmati waktu luangnya setelah mengumpulkan Kartu Kelas bersama sahabatnya, Miyu Edelfelt.
Namun, waktu luangnya tiba-tiba berakhir ketika ia dan Miyu diculik oleh Rin Toosaka dan Luviagelita Edelfelt, saat sedang bersama teman-temannya. Para gadis penyihir menyadari bahwa pekerjaan mereka masih jauh dari selesai, ketika Menara Jam memberi tahu mereka bahwa mana tak terkendali yang diduga telah disegel terus menyebar di seluruh Kota Fuyuki. Setelah menuju ke titik asal mana tak terkendali tersebut, Illya dan Miyu ditugaskan untuk memecahkan anomali tersebut.
Namun setelah merapal mantra, Illyasviel menyadari bahwa dirinya telah terbagi menjadi dua orang! Saat wujud baru yang misterius ini melesat, ia hanya bisa bertanya-tanya: apa yang akan terjadi dengan keberadaan dopplegänger-nya, yang mengamuk di kota yang tak terduga itu?
