Ada makhluk-makhluk kegelapan dan kejahatan yang mengganggu malam, melahap siapa pun manusia malang yang terperangkap dalam cengkeraman mereka. Di sisi lain adalah Hellsing, sebuah organisasi yang didedikasikan untuk menghancurkan kekuatan supernatural yang mengancam keberadaan umat manusia. Pemimpinnya adalah Integra Fairbrook Wingates Hellsing, yang memimpin pasukan militer yang kuat dan menghabiskan hidupnya melawan mayat hidup.
Namun, pasukan Integra yang besar tidak ada apa-apanya dibandingkan dengan senjata pamungkasnya: vampir Alucard, yang bekerja melawan kaumnya sendiri sebagai pembasmi Hellsing. Dengan pelayan vampir barunya, Seras Victoria, di sisinya, Alucard harus melawan tidak hanya monster, tetapi semua orang yang berdiri untuk menentang Hellsing, baik yang berkedok kebaikan maupun kejahatan.
Dalam pertempuran untuk kelangsungan hidup umat manusia, Hellsing Ultimate membuktikan bahwa penampilan tidak selalu seperti yang terlihat, dan terkadang senjata terhebat bisa datang dalam bentuk mimpi terburuk seseorang.
