Seratus tahun setelah pergeseran lempeng tektonik dahsyat yang menyebabkan sebagian besar wilayahnya tenggelam, Jepang kini berkembang pesat sebagai negara maritim. Kota-kota berteknologi tinggi berjajar di pesisir Jepang, dan jalur laut yang dikembangkan dengan baik dijaga oleh kapal-kapal angkatan laut khusus. Industri kelautan berkembang pesat, dan gadis-gadis muda bersemangat untuk bergabung dengan Putri Duyung Biru—para perempuan terampil yang mengabdikan hidup mereka untuk melindungi lautan.
Setelah berpisah beberapa waktu, sahabat masa kecil Akeno Misaki dan Moeka China dipertemukan kembali di Sekolah Menengah Atas Marinir Putri Yokosuka. Di sana mereka bergabung dengan orang-orang lain yang memiliki impian yang sama untuk menjadi Putri Duyung Biru. Tak lama kemudian, latihan militer dimulai, dengan Akeno dan Moeka ditugaskan untuk memimpin kapal dan awak mereka sendiri. Semuanya berjalan lancar bagi Akeno saat ia menyesuaikan diri dengan perannya sebagai kapten dan membangun persahabatan di antara sesama awak kapal di atas Harekaze, sebuah kapal perusak. Namun, kegagalan mesin dan navigasi yang tak terduga segera membuat kapal mereka terdampar dan awak kapal dalam bahaya.
Armada Sekolah Menengah mengikuti kru Harekaze yang gagah berani saat mereka mengarungi perairan berbahaya dan rintangan lainnya dalam perjalanan mereka untuk menjadi Putri Duyung Biru yang utuh.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]
