Shuuichi Nitori, siswi kelas lima yang feminin, dianggap oleh kebanyakan orang sebagai salah satu gadis tercantik di sekolah, tetapi yang membuatnya kecewa, ia sebenarnya laki-laki secara biologis. Untungnya, Shuuichi memiliki teman masa kecil yang juga memiliki perasaan tidak nyaman terkait identitas gender: Yoshino Takatsuki, si tomboi jangkung, yang meskipun secara biologis perempuan, tidak mengidentifikasi dirinya sebagai perempuan. Kedua sahabat ini berbagi rahasia yang sama dan menemukan penghiburan satu sama lain; namun, hidup mereka menjadi lebih rumit ketika mereka harus menapaki perairan asing di sekolah baru, mencoba mendapatkan teman baru, dan berjuang untuk mempertahankan teman lama. Dihadapkan dengan rintangan yang hampir tak teratasi, mereka harus belajar menghadapi kenyataan pahit dalam tumbuh dewasa, menjadi transgender, hubungan, dan penerimaan.
Dipuji sebagai pandangan yang sangat serius terhadap identitas gender dan perjuangan LGBT, Hourou Musuko karya Takako Shimura berkisah tentang upaya Shuuichi dan Yoshino untuk menemukan jati diri mereka saat memasuki masa pubertas, berteman, jatuh cinta, dan menghadapi beberapa pilihan yang sangat nyata dan sulit.
