Bertahun-tahun setelah kejahatan kuno diselamatkan dari dasar laut, Joutarou Kuujou duduk dengan tenang di dalam sel penjara Jepang. Ia tidak melakukan kejahatan apa pun namun menuntut agar ia tidak dibebaskan, karena ia yakin telah dirasuki oleh roh jahat yang mampu mencelakai orang-orang di sekitarnya. Khawatir akan putranya, Holy Kuujou meminta ayahnya, Joseph Joestar, untuk meyakinkan Joutarou agar meninggalkan penjara. Joseph memberi tahu cucunya bahwa “roh jahat” itu sebenarnya adalah sesuatu yang disebut “Stand”, manifestasi fisik dari semangat juang seseorang yang dapat berubah menjadi berbagai bentuk mematikan. Setelah perkelahian sengit dengan teman Joseph, Muhammad Avdol, Joutarou dipaksa keluar dari selnya dan mulai belajar cara mengendalikan kekuatan Stand-nya.
Namun, ketika sebuah Stand muncul di dalam Holy dan mengancam akan melahapnya dalam 50 hari, Joutarou, kakeknya, dan sekutu mereka harus mencari dan menghancurkan vampir abadi yang bertanggung jawab atas kondisinya. Mereka harus menempuh perjalanan melintasi belahan dunia lain menuju Kairo, Mesir, dan di sepanjang perjalanan, bertempur melawan para pengguna Stand yang ganas yang bertekad menggagalkan misi mereka. Jika Joutarou dan sekutunya gagal dalam misi mereka, umat manusia ditakdirkan untuk bernasib buruk.
