Armada Abyssal yang asing terus mengancam umat manusia, dan Kanmusu—gadis-gadis yang dianugerahi roh kapal perang Jepang—adalah harapan terakhir umat manusia. Dengan perjuangan mereka yang terus berlanjut, Kanmusu hampir pasti akan tenggelam ke dalam gelombang dan menghadapi kehancuran. Kapal perusak kelas Mutsuki, Kisaragi, adalah salah satu kapal yang malang yang menemui nasib tersebut.
Namun, setelah serangan malam yang sukses, Kanmusu dari Armada Kedelapan menemukan Kisaragi masih hidup namun pingsan, mengapung ke permukaan laut. Namun, situasi yang tidak biasa dan perilaku aneh Kisaragi membuat Kanmusu waspada terhadapnya. Selain itu, kapal-kapal lain mulai mendengar suara-suara misterius dan menemui air merah yang merusak peralatan mereka. Anehnya, Fubuki, kapal utama dari kapal perusak kelas Fubuki, tampaknya tidak terpengaruh.
Saat Fubuki dan Kanmusu lainnya menghadapi kejadian-kejadian aneh di sekitar mereka, kenyataan pahit tentang keberadaan mereka dan Armada Abyssal mulai terungkap. Meskipun demikian, para gadis harus terus maju untuk membebaskan laut dan melindungi orang-orang yang mereka sayangi.
