Setelah pembunuhan ayahnya, Ryuuko Matoi menjelajahi negeri itu untuk mencari pembunuhnya. Mengikuti satu-satunya petunjuknya—separuh penemuan ayahnya yang hilang, Pisau Gunting—ia tiba di Akademi Honnouji yang bergengsi, sebuah SMA yang berbeda dari yang lain. Akademi ini dipimpin oleh ketua OSIS Satsuki Kiryuuin yang berwibawa dan berhati dingin, bersama para bawahannya yang kuat, Elite Four. Dalam hierarki sekolah yang sangat kompetitif, Satsuki menganugerahkan pakaian khusus yang disebut “Seragam Goku” kepada mereka yang berada di puncak, yang memberikan kemampuan manusia super yang unik.
Setelah kalah telak dalam pertarungan melawan salah satu siswa berseragam, Ryuuko kembali ke rumahnya yang telah hancur di mana ia menemukan Senketsu, “Kamui” atau Pakaian Dewa yang langka dan hidup. Setelah bersentuhan dengan darah Ryuuko, Senketsu terbangun, menempel padanya, dan memberinya kekuatan luar biasa. Sekarang, berbekal Senketsu dan Pedang Gunting, Ryuuko berusaha melawan Elite Four, dengan harapan bisa mencapai Satsuki dan mengungkap dalang di balik pembunuhan ayahnya untuk selamanya.
