Sebuah tim yang terdiri dari tiga gadis penyihir yang dikenal sebagai Tres Magia melindungi kota tempat Utena Hiiragi tinggal. Seperti banyak orang lainnya, Utena mencintai gadis-gadis penyihir yang dengan gagah berani berjuang demi keadilan. Suatu hari, sesosok maskot hitam misterius muncul di hadapan Utena dan memberinya kesempatan sekali seumur hidup: kesempatan untuk berubah menjadi gadis penyihir.
Namun, tawaran itu tidak seperti kelihatannya, karena Utena telah direkrut oleh sebuah organisasi jahat untuk melawan gadis-gadis penyihir yang selalu dikaguminya. Utena kemudian terpaksa menghadapi Tres Magia dalam pertempuran; tetapi alih-alih merasa menyesal, ia tiba-tiba menemukan kesenangan dalam menimbulkan rasa sakit pada gadis-gadis penyihir tersebut. Sepenuhnya menyerah pada keinginannya, Utena menerima perannya sebagai penjahat, perlahan-lahan mengubah kekagumannya pada gadis-gadis penyihir menjadi obsesi sadis yang baru.
