Lima puluh tahun yang lalu, makhluk-makhluk mengerikan yang dijuluki sebagai “musuh umat manusia” tiba-tiba muncul di seluruh dunia. Untuk melawan ancaman ini, para remaja yang diberkahi dengan kemampuan supranatural yang disebut “Talenta”—seperti pirokinesis dan perjalanan waktu—mengasah kekuatan mereka di sebuah akademi di pulau terpencil.
Namun, Nanao Nakajima sangat berbeda dari yang lain di pulau itu: dia tidak memiliki Talenta. Dengan banyaknya remaja “Berbakat” di sekitarnya, Nanao sering menjadi sasaran perundungan, tetapi meskipun demikian, dia tetap berusaha menyelesaikan pelatihannya. Tak lama kemudian, dua siswa pindahan, Kyouya Onodera yang misterius dan Nana Hiiragi yang dapat membaca pikiran, bergabung dengan kelas tersebut. Tetapi tepat ketika semua orang mulai berbaur sebagai rekan seperjuangan, hilangnya orang-orang secara misterius mulai mengancam seluruh fondasi kelas tersebut.
