Pada suatu hari yang tenang dan damai, langit terbelah dan makhluk-makhluk ekstradimensi, yang disebut sebagai Yang Tak Dikenal, melancarkan serangan cepat dan brutal terhadap umat manusia. Untuk melindungi masa depan negara, semua anak Jepang dibekukan secara kriogenik hingga akhir perang agar mereka terhindar dari bahaya.
Beberapa tahun berlalu, dan umat manusia telah membangun pijakan di sudut Jepang, yang kini menjadi garis depan perang. Tak lagi menghadapi kepunahan umat manusia, anak-anak itu terbangun dari tidur mereka. Kemudian terungkap bahwa, selama dalam kriogenesis, anak-anak tersebut telah mengembangkan Dunia, kekuatan supernatural yang unik bagi setiap orang. Enam anak terkuat diberi komando atas kota-kota yang direbut kembali, menggunakan kekuatan mereka untuk mempertahankan benteng-benteng dari invasi yang terus berlanjut. Sahabat masa kecil Ichiya Suzaku dan Canaria Utara memimpin Tokyo, saudara kandung Kasumi dan Asuha Chigusa mengelola Chiba, sementara Maihime Tenkawa dan Hotaru Rindou mengawasi Kanagawa.
Seiring waktu, serangan rutin dari pihak Tak Dikenal dan pertentangan kepribadian para kepala dan wakil kepala kota memicu persaingan kecil, yang berujung pada pertengkaran terus-menerus di antara ketiga kota. Dengan pihak Tak Dikenal yang tiba-tiba meningkatkan tekanan serangan mereka, para pemimpin ketiga kota harus belajar bekerja sama atau berisiko kehilangan garis pertahanan terakhir melawan kepunahan umat manusia.
