Setelah menjalani hari-hari yang damai di dojo Kamiya, Kenshin Himura mendapati dirinya di persimpangan jalan yang krusial, karena sumpahnya untuk tidak pernah mengakhiri hidup seseorang diuji.
Setelah pembunuhan mantan komandannya, ia kini harus menapaki kembali jalan kekerasan dan pertumpahan darah untuk mengalahkan Makoto Shishio—pembunuh jenius yang menyebut dirinya penerus Battousai yang terkenal kejam. Dengan ambisi untuk menggulingkan pemerintahan Meiji dan membangun kekuasaannya di Kyoto, Shishio telah merencanakan dengan cermat selama satu dekade, membangun pasukan militer anti-pemerintah yang tangguh. Kini, Shishio mengalihkan pandangannya untuk merekrut Aoshi Shinomori, seorang pembunuh berdarah dingin dan mantan pemimpin prajurit legendaris Grup Oniwaban.
Saat Kenshin menjelajahi desa yang ditinggalkan pemerintah dan saat ini berada di bawah tangan besi para antek Shishio, ia bertekad untuk mencegah negara kembali terjerumus ke dalam perang saudara. Ia bersekutu dengan mantan rivalnya, Hajime Saitou, dan menjalin kemitraan yang rapuh dalam pertempuran melawan kekaisaran Shishio yang akan menentukan nasib Jepang.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]