Sihir Onmyoudou dulunya merupakan teknik ampuh yang digunakan Jepang selama Perang Dunia II untuk meraih kemenangan dan membangun negara mereka sebagai kekuatan yang tangguh. Namun, Jepang dengan cepat dikalahkan setelah onmyouji yang dihormati, Yakou Tsuchimikado, menyebabkan “Bencana Spiritual Besar”, sebuah peristiwa yang masih menghantui Tokyo hingga saat ini. Akibat bencana ini, Agensi Onmyou didirikan untuk mengusir bencana spiritual lebih lanjut dan memerangi iblis yang akan merasuki dunia.
Kini, Onmyoudou telah menjadi jauh lebih modern, disederhanakan, dan disempurnakan untuk digunakan dalam berbagai aplikasi seperti kedokteran dan teknologi. Namun, tidak semua orang mampu memanfaatkan sihir ini, seperti halnya Harutora, anggota keluarga cabang Tsuchimikado. Meskipun pernah berjanji untuk melindungi Natsume, pewaris keluarga utama Tsuchimikado dan dianggap sebagai reinkarnasi Yakou, sebagai familiarnya, Harutora tidak memiliki bakat dan memilih untuk menjalani kehidupan normal. Namun, ketika seorang anggota terkemuka Badan Onmyou mencoba mengulangi eksperimen yang sama yang menyebabkan kehancuran Jepang, ia memutuskan untuk menepati janjinya dan bertarung di sisi Natsume.
