Di permukaan, SMA Koudo Ikusei tampak seperti surga. Para siswa menikmati kebebasan yang tak tertandingi, dan sekolah ini berperingkat tinggi di Jepang. Namun, kenyataannya jauh dari ideal. Empat kelas, A hingga D, diberi peringkat berdasarkan prestasi, dan hanya kelas-kelas teratas yang menerima perlakuan istimewa.
Kiyotaka Ayanokouji adalah siswa Kelas D, tempat sekolah menempatkan siswa-siswa terburuknya. Di sana ia bertemu dengan Suzune Horikita yang antisosial, yang percaya bahwa ia ditempatkan di Kelas D karena kesalahan dan ingin naik peringkat hingga Kelas A, dan Kikyou Kushida, idola kelas yang tampaknya ramah, yang bertujuan untuk berteman sebanyak mungkin.
Meskipun keanggotaan kelas bersifat permanen, peringkat kelas tidak; siswa di kelas berperingkat lebih rendah dapat naik peringkat jika mereka mendapatkan nilai lebih baik daripada siswa di kelas atas. Selain itu, di Kelas D, tidak ada batasan metode apa pun yang dapat digunakan untuk maju. Di sekolah yang kejam ini, dapatkah mereka mengatasi rintangan dan mencapai puncak?
